تفاوت سامانه مودیان و سامانه جامع تجارت در عملکرد و اهداف آن‌ها مشخص است، اما این دو سامانه در کنار یکدیگر نقش مهمی در مدیریت مالیات و کنترل فعالیت‌های تجاری کشور ایفا می‌کنند. سامانه مودیان که توسط سازمان امور مالیاتی مدیریت می‌شود، برای محاسبه مالیات و کاهش فرار مالیاتی طراحی شده است، در حالی که سامانه جامع تجارت تحت نظارت وزارت صمت، مسئول مدیریت واردات، صادرات و تأمین کالا است. اطلاعات ثبت‌شده در سامانه جامع تجارت به سامانه مودیان کمک می‌کند تا میزان درآمد و مالیات مودیان به‌طور دقیق محاسبه شود. ارتباط سامانه تجارت و سامانه مودیان منجر به افزایش شفافیت مالی، کنترل بهتر تراکنش‌های اقتصادی، کاهش هزینه‌ها و اجرای دقیق‌تر عدالت مالیاتی می‌شود. این یکپارچگی اطلاعاتی، امکان نظارت بر فعالیت‌های اقتصادی و جلوگیری از تخلفات مالیاتی را فراهم کرده و به بهینه‌سازی نظام مالیاتی کشور کمک می‌کند.